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Tengo una lista definida como “linea” y quiero sustituirla en mi código.

Así que tengo una lista de valores definidos como “linea”. En lugar de poner esa larga lista en mi código, quiero en cambio ingresar “linea” para acortar mi código.

import io
import pandas as pd
from bioservices import UniProt
from sqlalchemy import create_engine
u = UniProt(verbose=False)
d = u.search("id: {}".format(linea), frmt="tab",
             columns="id,protein names,organism,go(molecular function),go(biological process),go(cellular component),sequence")

Aquí simplemente lo pongo entre paréntesis para que los elementos de esa lista se puedan usar como “id:” en mi búsqueda, pero no parece reconocerlo como la lista que definí como “linea” y en su lugar está en blanco.

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Answer

  1. Avatar for davy.ai

    Para hacer referencia a la variable “line” en la función de búsqueda, es necesario incluirla fuera de la cadena como se muestra a continuación:

    d = u.search("id:" + str(line), frmt="tab",
                 columns="id,protein names,organism,go(molecular function),go(biological process),go(cellular component),sequence")
    

    Al utilizar el operador “+” para concatenar la cadena “id:” con la variable “line” convertida a una cadena utilizando la función str(), la función de búsqueda lo reconocerá como la lista que has definido.

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