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tbl_regression, mfx, and p values tbl_regression, mfx, y valores de p

13 Jul, 2023 Programación

Este simple ejemplo genera un error para tbl_regression con mfx, pero tbl_merge aún funciona.
“` {r}
library(“gtsummary”)
library(“mfx”)
data(sleep)

m1 <- tbl_regression(glm(data=sleep, group~extra, family = “binomial”))
m2 <- tbl_regression(logitmfx(data=sleep, group~extra, atmean = TRUE))
tbl_merge(list(m1,m2), tab_spanner=c(“”,””))


Sin embargo, tbl_merge se interrumpe si etiqueto las variables.
``` {r}
library("labelled")
var_label(sleep$extra) <- "Hrs of sleep"
m1 <- tbl_regression(glm(data=sleep, group~extra, family = "binomial"))
m2 <- tbl_regression(logitmfx(data=sleep, group~extra, atmean = TRUE))
tbl_merge(list(m1,m2), tab_spanner=c("",""))

¿Cómo agrego los efectos marginales en una sola tabla con variables etiquetadas?

Y, ¿cómo elimino los intervalos de confianza (CI) y cambio los valores de p por asteriscos?

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Para agregar los efectos marginales en una tabla única con variables etiquetadas, podemos utilizar la función tbl_svysummary() en lugar de tbl_regression() del paquete survey. Esta función puede manejar variables etiquetadas y efectos marginales de mfx. Aquí tienes un código de ejemplo:

    “`{r}
    library(gtsummary)
    library(labelled)
    library(survey)
    library(mfx)
    data(sleep)

    var_label(sleep$extra) <- “Hrs de Sueño”

    crear objeto de diseño para el paquete survey

    dsg <- svydesign(ids = ~1, data = sleep)

    crear tbl_svysummary para modelo glm

    m1 <- tbl_svysummary(glm(formula = group ~ extra, family = “binomial”, design = dsg),
    label = list(extra = “Hrs de Sueño”))

    crear tbl_svysummary para modelo mfx

    m2 <- tbl_svysummary(logitmfx(formula = group ~ extra, data = sleep, atmean = TRUE),
    label = list(extra = “Hrs de Sueño”),
    add_estimate = “se”, add_ci = TRUE)

    combinar tablas con tbl_merge

    tbl <- tbl_merge(list(m1, m2), tab_spanner = c(“”, “”),
    modify = list(est_sigfig = 3, ci = NULL, p = “{stars}”))

    modificar etiquetas de columna

    modify_column_labels(tbl, .prefix = “Modelo “, .default_suffix = ” Coeficiente”)
    “`

    Para eliminar los intervalos de confianza y cambiar los valores de p por asteriscos, podemos utilizar el argumento modify en tbl_merge(). Específicamente, podemos establecer ci = NULL para eliminar los intervalos de confianza y p = "{stars}" para reemplazar los valores de p por asteriscos. También podemos utilizar la función modify_column_labels() para modificar las etiquetas de las columnas.

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