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Tengo un flujo de trabajo en Nextflow que ejecuto en un clúster basado en Slurm. Esto funciona de manera muy sencilla utilizando el executor: executor { slurm { …. } } Pero el problema es que tengo muchos procesos muy pequeños que solo se ejecutan durante segundos, por lo que . . . Read more
Quiero ejecutar tres instancias de GROMACS mdrun en tres nodos diferentes. Tengo tres temperaturas: 200, 220 y 240 K, y quiero ejecutar una simulación de 200 K en el nodo 1, una simulación de 220 K en el nodo 2 y una simulación de 240 K en el nodo 3. . . . Read more
¿Cómo puede slurm asignar alta prioridad a trabajos con recursos más bajos? Esto requiere slurm tres, pero con la configuración actual, solo puedo obtener una prioridad más alta para recursos altos. PriorityType=priority/multifactor PriorityFlags=SMALL_RELATIVE_TO_TIME AccountingStorageTRES=cpu,mem PriorityWeightTRES=cpu=100,mem=1000 ¿Alguien tiene un ejemplo de configuración de slurm? menor CPU -> mayor prioridad menor memoria . . . Read more
¿Cuál es la diferencia entre usar srun dentro del script del lanzador y no usarlo? Por ejemplo, algunos scripts de lanzamiento son: #!/bin/bash -l #SBATCH -N 1 #SBATCH –ntasks-per-node=1 #SBATCH –time=0-00:05:00 #SBATCH -p batch #SBATCH –qos=normal srun pythonscript.py pero otros cambian la última línea directamente al script #!/bin/bash -l #SBATCH . . . Read more
¿Cómo puedo ejecutar una serie de scripts de Python en diferentes nodos en SLURM? Supongamos que selecciono 5 nodos del clúster usando #SBATCH –nodes=5. y Tengo 5 scripts de Python code1.py, code2.py…code5.py y quiero ejecutar cada uno de estos scripts en 5 nodos diferentes simultáneamente. ¿Cómo puedo lograr esto?