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Estoy trabajando con R usando el paquete Seurat en Mac. Los datos que descargué se encuentran en GEO y el archivo es – GSE93374Mergedall020816BatchCorrectedLNtransformeddoubletsremoved_Data.txt.gz. Supongo que el archivo que he descargado es demasiado grande porque después de intentar normalizar los datos usando Seurat, recibí el siguiente código de error: Error: . . . Read more
Estoy utilizando Seurat para analizar algunos datos de scRNAseq. He logrado poner todos los códigos de integración SCT de una línea de SatijaLab en una función con básicamente: SCT_normalization <- function(f1, f2) { f_merge <- merge(f1, y=f2) f.list <- SplitObject(f_merge, split.by = “stim”) f.list <- lapply(X = f.list, FUN = . . . Read more
He estado intentando submuestrear aleatoriamente mi objeto seurat. Estoy interesado en submuestrear basado en 2 columnas: condición y tipo celular. Tengo 5 condiciones y 5 tipos celulares. El objetivo principal es tener 1000 células para cada tipo celular en cada condición. He intentado lo siguiente hasta ahora: Lo primero es . . . Read more
Realicé la QC, normalización y PCA de mis datos y utilicé el siguiente código: gc1.1 <- FindNeighbors(gc1.1, dims = 1:40) gc1.1 <- FindClusters(gc1.1, resolution = 0) gc1.1 <- RunUMAP(gc1.1, dims = 1:40) DimPlot(gc1.1, reduction = "umap", label = TRUE, repel = TRUE) Sin embargo, con resolution=0, obtuve 2 clusters Necesito . . . Read more