Tag: SCANPY
Estoy teniendo problemas para importar un paquete de Python llamado “scanpy” en un Jupyter Notebook. Siguiendo el consejo de @ecjb aquí (https://stackoverflow.com/questions/53152047/python-package-not-found-although-it-is-installed), que básicamente consistía en especificar la instalación de Python/pip que quería utilizar al instalar “joblib”, he intentado especificar pip y python e instalar joblib, pero no consigo que . . . Read more
No estoy seguro si el título fue bien elegido, disculpen por eso. Si esto ya fue cubierto, por favor, háganmelo saber donde no pude encontrarlo. Para un análisis que estoy realizando, estoy trabajando en JupyterLab, principalmente con scanpy. Quiero ver el número de células que están coexpresando ciertos genes en . . . Read more
He instalado scanpy y cuando verifico con pip show está ahí: C:\Users\plain>pip show scanpy Name: scanpy Version: 1.8.2 Summary: Análisis de células individuales en Python. Home-page: http://github.com/theislab/scanpy Author: Alex Wolf, Philipp Angerer, Fidel Ramirez, Isaac Virshup, Sergei Rybakov, Gokcen Eraslan, Tom White, Malte Luecken, Davide Cittaro, Tobias Callies, Marius Lange, . . . Read more
Estoy tratando de guardar un archivo en formato h5ad y me está dando este error de valor: ValueError: ‘_index’ es un nombre reservado para las columnas del dataframe. import pandas as pd import scanpy as sc import numpy as np data = sc.read_h5ad(‘f.h5ad’) annotation = pd.read_csv(‘n.tsv’, sep=’\t’) annotation_dict = {item[‘barcodes’]:item[‘celltype’] . . . Read more