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Estoy tratando de ejecutar la alineación STAR para lecturas de extremos emparejados y sigo obteniendo este error: “EXITING: debido a un error fatal en el archivo de ENTRADA: no se pudo abrir el archivo de lectura: Read1. No puedo encontrar dónde está el problema en mi sintaxis. Aquí está mi . . . Read more
“Cargué un objeto TxDb creado a partir de Gencode y lo consulté para obtener los exones, luego utilicé lapply para obtener todos los ÚLTIMOS exones de cada transcripción que tiene más de 1 exón: #Cargar la base de datos: Gencode <- loadDb(‘gencode.v39.basic.annotation.sqlite’) #Exones por transcripción Exones <- exonsBy(Gencode, by = . . . Read more
Soy nuevo en Cytoscape y GSEA, pero estoy intentando construir un mapa de enriquecimiento con mis datos de RNA-seq. He subido el archivo .gmt y dos archivos .xls, uno para el enriquecimiento positivo y otro para el negativo. También tengo un archivo .rnk pero parece que no está causando el . . . Read more
Estoy intentando crear nuevas columnas utilizando la información de una columna existente: por ejemplo, la columna “name” contiene el siguiente valor: 0112200015-1_R2_001.fastq.gz. De esto, me gustaría generar una columna “sampleid” que contenga 0112200015 (los primeros 10 dígitos), una columna “timepoint” que contenga 1 (de -1) y una columna “pairedend” que . . . Read more