Tag: PHYLOSEQ
Tengo un bucle for para recorrer una gran cantidad de datos de microbioma (usando `phyloseq’) y generar gráficos para múltiples experimentos. ggplot(data_M1, aes(x = Sample, y = Abundance, fill = get(i))) + geom_bar(stat = “identity”)+ facet_wrap(vars(Status, Time.Point, Treatment), scales = “free”, ncol=2)+ theme(axis.title.x=element_blank(), axis.text.x=element_blank(), axis.ticks.x=element_blank())+ guides(fill = guide_legend(reverse = TRUE, . . . Read more
Phylum Abundance Bacteroidetes 12 Firmicutes 4 Proteobacteria 3 Firmicutes 21 Firmicutes 9 Bacteroidetes 15 Proteobacteria 3 Bacteroidetes 8 Verrucomicrobia 2 Bacteroidetes 5 Mi pregunta es que tengo una tabla como la de arriba en R Studio. Quiero escribir esta tabla combinando las filas similares en la columna de “Phylum” en . . . Read more
Tengo un objeto phyloseq llamado “shared”. Clase de experimento phyloseq otu_table() Tabla de OTU: [3823 taxa y 64 muestras] sample_data() Datos de muestra: [64 muestras por 17 variables de muestra] tax_table() Tabla de taxonomía: [3823 taxa por 12 rangos taxonómicos] y estoy tratando de crear un nuevo objeto phyloseq a . . . Read more
Estoy intentando hacer un gráfico NDMS con la función plot_ordinate en phyloseq y sigo recibiendo este error. Anteriormente me funcionó. Este es mi código. r dist <- phyloseq::distance(rf.indpig.decomp, method="bray") ordination <- ordinate(rf.indpig.decomp, method="NDMS", distance=dist) plot_ordination(rf.indpig.decomp, ordination, color="decomp.stage",shape="location") Error en input$map_loaded: operador $ no está definido para esta clase S4; Recibo . . . Read more