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Tengo un flujo de trabajo en Nextflow que ejecuto en un clúster basado en Slurm. Esto funciona de manera muy sencilla utilizando el executor: executor { slurm { …. } } Pero el problema es que tengo muchos procesos muy pequeños que solo se ejecutan durante segundos, por lo que . . . Read more
Tengo un proceso que genera un valor. Quiero enviar este valor a un canal de salida de valor, pero parece que no puedo hacer que funcione de una vez. Siempre tengo que generar un archivo de salida y luego definir un nuevo canal desde el primero: process calculate { input: . . . Read more
Estoy intentando usar inclusiones dinámicas pero tengo problemas para manejar los archivos de salida: /* * habilita los módulos */ nextflow.enable.dsl = 2 <p>incluya { requestData } de ‘./módulos/obtener<em>datosxapi</em>’ incluya { uniqueActors } de ‘./módulos/actores<em>unicos’ incluya { compileJson } de ‘./módulos/actores</em>unicos’ si (params.user<em>algo) { incluya { userAlgo } de params.user</em>algo . . . Read more
Tengo que ejecutar varios pipelines de nextflow en paralelo, sin embargo, al hacerlo, el directorio tmp/ se congestiona. La razón aparente es que aunque hay 30 nodos diferentes disponibles con grandes directorios tmp/, nextflow utiliza solo el primero, que se llena bastante rápido, lo que produce un error de “espacio . . . Read more
Estoy intentando usar nextflow para ejecutar un pipeline, sin embargo, cuando lo ejecuto, sigue apareciendo el mensaje nextflow: command not found. He instalado nextflow (seguí este tutorial https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html). ¿Necesito agregar la ruta a nextflow en el archivo de configuración?