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Tag: CHEMISTRY

Convertir un conjunto de datos SMILES a un grafo.

Mi idea sería crear un VAE o un GAN capaz de generar nuevas drogas, utilizando grafos como representaciones de mis moléculas. Ahora estoy haciendo la pregunta real: Comencé el proyecto con un simple Pandas dataframe compuesto por cadenas de SMILES y varias características, como esta: CC(=O)Nc1ccc(O)cc1, peso = 151.16, … . . . Read more

¿Hay alguna forma de modificar una molécula en RDkit?

Tengo una molécula bifurcada como en la imagen (la de la izquierda). Quiero añadir COOH al final de cada rama como en la imagen (la de la derecha). Aquí está el formato SMILES de mi molécula en forma simplificada con 4 ramas. [N:1]([CH2:2][CH2:3][N:4]([CH2:47][CH2:48][CH:49]([NH:50][CH2:51][CH2:52][NH2:53])[O-:55])[CH2:66][CH2:67][CH:68]([NH:69][CH2:70][CH2:71][NH2:72])[O-:74])([CH2:9][CH2:10][CH:11]([NH:12][CH2:13][CH2:14][NH2:15])[O-:17])[CH2:28][CH2:29][CH:30]([NH:31][CH2:32][CH2:33][NH2:34])[O-:36] En realidad tengo una molécula mucho más . . . Read more