Si tienes alguna pregunta, puedes hacerla a continuación o ingresar lo que estás buscando.
En DGEMM http://www.netlib.org/lapack/explore-html/d1/d54/groupdoubleblas_level3gaeda3cbd99c8fb834a60a6412878226e1.html#gaeda3cbd99c8fb834a60a6412878226e1 se puede realizar C = alpha * A.B + beta*C En eimsum, hay ij,jk->ik (o índices más generales) para A.B. ¿Existe alguna forma eficiente de incorporar alpha y beta*C, presumiblemente si A y B son arreglos de rango general? ¿O debo escribir varias líneas de operaciones con . . . Read more
Tengo el siguiente error: Bio.Application.ApplicationError: Código de retorno distinto de cero (2) desde ‘psiblast -out 7NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, mensaje ‘Error de la base de datos BLAST: No se encontró ningún archivo de alias o índice para la base de datos de proteínas . . . Read more
La motivación es que quiero que el código fuente en Fortran sea flexible con las opciones del compilador relacionadas con BLAS serial/paralelo. Puedo especificar -mkl=parallel para mkl o USE_OPENMP=1 para lopenblas en el Makefile. Puedo usar make ifort o make gfortran o make blah blah para cambiar las librerías en . . . Read more
Quiero verificar la ruta de BLAS o MKL que está vinculada a numpy. El sistema ya está construido por otros y no tengo cuenta de root. ¿Existe alguna forma de encontrar la ruta en el comando de Python?
Estoy buscando obtener los 5 mejores resultados de alineación de blast para la secuencia de ARNr 16S que obtuve con el módulo Entrez. Sin embargo, al analizar mis alineaciones, todos los puntajes de valor e (e-value) que obtengo de record.alignment.hsp.expect son exactamente 0.0. Solo con inspeccionar visualmente las alineaciones, las . . . Read more