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Estoy buscando obtener los 5 mejores resultados de alineación de blast para la secuencia de ARNr 16S que obtuve con el módulo Entrez. Sin embargo, al analizar mis alineaciones, todos los puntajes de valor e (e-value) que obtengo de record.alignment.hsp.expect son exactamente 0.0. Solo con inspeccionar visualmente las alineaciones, las . . . Read more
Estoy en OSX y apenas puedo encontrar algo para usuarios de Mac sobre esto. Estoy usando Visual Studio Code, pip 21.3.1 y Python 3.8 como referencia. Estoy usando “pip install biopython” y todo se instala. De hecho, la pequeña palabra en VSCode se vuelve verde y todo. No hay ninguna . . . Read more
Estoy tratando de crear una función en python que lea secuencias de nucleótidos tanto inequívocas como ambiguas de un archivo fasta y devuelva el ID de la secuencia y el peso molecular. He intentado esto con el siguiente código: import Bio from Bio import SeqUtils, SeqIO def funcion(nombre_archivo): nucleotidos = . . . Read more
Me gustaría calcular las distancias entre todos los átomos en un archivo PDB y luego crear una matriz de distancias a partir del resultado del PDB. Actualmente tengo todas las coordenadas x, y y z pero tengo dificultades para hacer este cálculo de distancias para todos los átomos. Distancia = . . . Read more
Estoy trabajando con archivos FASTA de proteínas. Quiero encontrar secuencias de proteínas que tengan secuencias AA similares (en un archivo .txt) utilizando python/biopython. He intentado mucho pero no puedo encontrar dónde estoy equivocado. usando biopython records=SeqIO.parse(“proteina.fasta”) #para extraer las secuencias de proteína del archivo FASTA for record in records: output=record.sec . . . Read more