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Versión de GCC 8.4.1 Este es un servidor CentOS7 aarch64. Estoy intentando instalar Biopython==1.77 ya que la clase Bio.Alphabet fue eliminada después de esta versión. Conda solo me proporciona las versiones 1.78 y 1.79 para instalar.
Anteriormente he modificado los ‘chain_id’ de un archivo pdb, 6gch, lo cual resulta en una salida que se ve así: ATOM 1 N CYS G 1 54.142 90.734 71.584 1.00 8.30 N ATOM 2 CA CYS G 1 53.264 90.010 72.541 1.00 6.56 C ATOM 3 C CYS G 1 . . . Read more
Estoy tratando de crear una función en Python que dado una secuencia (no) ambigua y un intervalo de peso molecular, devuelve una lista de todas las secuencias no ambiguas representadas por la secuencia. He intentado esto con el siguiente código: def extend_ambiguous_dna(file_name, mw_min, mw_max): with open(file_name) as seq_file: for record . . . Read more
Usando Biopython. Tengo una lista de átomos. repatoms = [CA, CB, CD3] (Átomos de carbono). Quiero guardar solo estos de cualquier archivo PDB dado. No quiero guardarlo localmente; quiero guardarlo en la memoria (Muchas iteraciones). He llegado al siguiente código, pero guarda el archivo localmente y es muy lento. Por . . . Read more
Quiero cambiar los nombres de las cadenas de un archivo PDB ‘6gch’ – https://www.rcsb.org/structure/6GCH. He revisado el manual de Biopython y no puedo encontrar nada. ¡Cualquier sugerencia sería de gran ayuda!