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Normalmente uso biomaRt para convertir identificadores de genes a símbolos. Sin embargo, esta vez los identificadores de Ensembl que tengo (para un perro) no coinciden con los identificadores de Ensembl del conjunto de datos “clfamiliaris_gene_ensembl” de biomart. También intenté usar el portal web de Ensembl, el conjunto de datos para . . . Read more
Soy un estudiante de secundaria haciendo un proyecto de bioinformática, pero no puedo encontrar un software que me permita ver un archivo de formato de llamada de variantes sin corromper los datos. Si tuviera un computador con Windows, habría utilizado MobaXTerm para verlo, pero eso no está disponible en macOS, . . . Read more
Recientemente me encontré con un problema en una tarea bastante simple. Así que tengo un marco de datos llamado tissue.position que contiene una posición x (en la quinta columna) y una posición y (en la sexta columna). Solo quiero extraer elementos específicos con posiciones de índice específicas, y los índices . . . Read more
Estoy tratando de cambiar la notación del número de cromosoma de [0-9XY] a Chr[0-9XY] utilizando la herramienta samtools reheader en el comando shell de snakemake. Regla rename: Entrada: os.path.join(config[&”input&”], &”{}sample.bam&”), Salida: os.path.join(config[&”output&”], &”new_sample/{}sample_chr.bam&”) Registro: os.path.join(config[&”log&”], &”samtools/{}sample&”) Shell: &”samtools view -H {}input | sed -e ‘s/SN:([0-9XY]*)/SN:chr\1/’ -e ‘s/SN:MT/SN:chrM/’ | samtools reheader . . . Read more
He estado intentando ejecutar el comando make y sigo obteniendo códigos de error. He instalado gcc con homebrew. Cuando ejecuto el código desde github, si utilizo make STARforMacStatic CXX=/usr/bin/gcc obtengo el siguiente error date: opción ilegal — – uso: date [-jnRu] [-d dst] [-r seconds] [-t west] [-v[+|-]val[ymwdHMS]] … [-f . . . Read more