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Estoy tratando de crear un archivo temporal en mi pipeline, luego usar ese archivo en otra regla. Por ejemplo, tengo dos reglas en un archivo .smk: #Descomprimir archivo Fastq adaptador recortado rule unzip_fastq: input: ‘{sample}.adapterTrim.round2.fastq.gz’, output: temp(‘{sample}.adapterTrim.round2.fastq’) conda: ‘../envs/rep_element.yaml’ shell: ‘gunzip -c {input[0]} > {output[0]}’; #Ejecutar bowtie2 para alinear a . . . Read more
Estoy trabajando en el análisis posterior de GWAS, donde he definido una lista de SNPs independientes asociados con mi rasgo. Estoy tratando de agrupar mis SNPs independientes en loci de +- 500KB. Hay algunos SNPs independientes cuyos loci se superponen y estoy tratando de escribir un código que descarte el . . . Read more
Estoy tratando de resolver un problema de codificación en Python, y mi seudocódigo se ve así: x = 0 for line[x] in file: if line[x].startswith(‘>’) next(line) while line[x] in file # !startswith(‘>’): do thing Lo que trato de lograr es omitir cualquier línea que comience con ‘>’, luego, por cada . . . Read more
Tengo un archivo fasta que contiene 16 proteínas y las alineé con el paquete “msa”. Ahora necesito visualizar mis resultados de secuencias similares utilizando boxplots y scatterplot. Leí sobre “ggmsa” pero no está funcionando en mi versión de R, y probé muchas otras versiones pero aún así no funciona. Mi . . . Read more
Aquí hay un poco de biología molecular. Así que necesito generar 1000 secuencias mutantes basadas en una secuencia primaria de 1000 nucleótidos. Cada secuencia mutante siguiente debe tener un nucleótido aleatorio cambiado a uno de la misma clase (A a G y viceversa; T a C y viceversa) en comparación . . . Read more