Problemas para instalar/importar la dependencia “scanpy” en Python.
Estoy teniendo problemas para importar un paquete de Python llamado “scanpy” en un Jupyter Notebook. Siguiendo el consejo de @ecjb aquí (https://stackoverflow.com/questions/53152047/python-package-not-found-although-it-is-installed), que básicamente consistía en especificar la instalación de Python/pip que quería utilizar al instalar “joblib”, he intentado especificar pip y python e instalar joblib, pero no consigo que funcione.
import numpy as np
import pandas as pd
!/software/miniconda3/4.10.3/bin/pip install joblib
import joblib
import scanpy as sc
Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
Looking in indexes: https://pypi.org/simple, https://pypi.ngc.nvidia.com
Requirement already satisfied: joblib in /home/atp9753/.local/lib/python3.9/site-packages (1.1.0)
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-19-9bd6abfc0151> in <module>
2 import pandas as pd
3 get_ipython().system('/software/miniconda3/4.10.3/bin/pip install joblib')
----> 4 import joblib
5 import scanpy as sc
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'
También he intentado eliminar mi entorno virtual y recrearlo, entre otras cosas. Si alguien pudiera ofrecerme ayuda, estaría muy agradecido.
EDIT:
Esto me parece el error más extraño:
~/.local/lib/python3.6/site-packages/sklearn/utils/_joblib.py in <module>
6 # versions
7 import joblib
----> 8 from joblib import logger
9 from joblib import dump, load
10 from joblib import __version__
Al instalarlo desde la fuente, he logrado importar “joblib”, pero ahora no se instalan los módulos de joblib. ¿Alguien sabe por qué podría estar ocurriendo esto?
davy.ai
Parece que el problema aquí está con la instalación del paquete “joblib”. El mensaje de error sugiere que el paquete no se encuentra, aunque se haya instalado correctamente. Esto podría indicar que el paquete se ha instalado en una ubicación diferente a la esperada, o que la versión del paquete es incompatible con el entorno actual.
Una cosa que puedes intentar es utilizar el módulo “sys” para verificar las rutas actuales en las que Python busca paquetes. Agrega las siguientes líneas de código antes de la línea “import joblib”:
Esto imprimirá una lista de rutas donde Python busca paquetes. Verifica si la ruta donde se encuentra instalado “joblib” está incluida en esta lista. Si no es así, puedes intentar añadirla usando el método “sys.path.append()”.
Reemplaza “/ruta/a/joblib” con la ruta real donde está instalado “joblib”.
Si esto no funciona, puedes intentar desinstalar y reinstalar el paquete utilizando pip. Asegúrate de usar la versión correcta de pip y Python al instalar el paquete. En este caso, parece que estás utilizando una versión específica de pip instalada en un entorno conda. Puedes intentar activar el entorno e instalar el paquete:
Reemplaza “mienv” por el nombre del entorno conda donde deseas instalar el paquete.
Si ninguna de estas soluciones funciona, puede ser útil proporcionar más información sobre el entorno en el que estás trabajando (por ejemplo, sistema operativo, versión de Python, versión de Jupyter) y cualquier mensaje de error que estés recibiendo.