Problema de PWM rápido en Timet 1 del ATMEGA88PA

Estoy trabajando en un proyecto para un cliente en el que estamos utilizando el chip mencionado en el título. El chip funciona como un controlador de motor de ventilador, estableciendo un ciclo de trabajo de acuerdo con un conteo de tach requerido. Un canal está utilizando el temporizador 0 mientras que otro está utilizando el temporizador 1. El controlador de ventilador en el temporizador 0, que está configurado en modo PWM rápido, funciona perfectamente cada vez de acuerdo con el ciclo de trabajo requerido. En el canal 1, el controlador de ventilador parece funcionar casi todo el tiempo, pero a veces falla en ocurrencias extrañas, también está configurado en modo PWM rápido. Cuando falla, el pin de salida PWM solo puede configurarse en un ciclo de trabajo del cero por ciento o el cien por ciento (o simplemente encendido y apagado) y no aceptará valores intermedios (utilizando el registro ICR para establecer la frecuencia, es decir,

ICR = FRECUENCIA_REQUERIDA / RELOJ_PRINCIPAL_CPU

y OCR1A para establecer el ciclo de trabajo)

OCR1A = (ciclo_de_trabajo_requerido * ICR) / 100

). Hasta ahora, no he tenido este problema en mi banco de pruebas, pero si saco el PCB del producto de regreso a mi escritorio, lo reprogramo y luego lo vuelvo a colocar en el producto, falla consistentemente (pero el PCB sigue funcionando bien en mi escritorio).
La frecuencia del reloj principal está configurada en 8MHz y el MCU está siendo alimentado por 3.3V. Según la hoja de datos, esto está bien y no deberíamos esperar ningún comportamiento extraño. Siento que he agotado todas mis opciones, ya que, además de a veces cuando el controlador se inicia, entra en este estado, pero no es consistente. Solo estoy curioso si otros han experimentado este problema antes.
Siento que esto no puede ser un problema de firmware, debido a la inconsistencia que estoy viendo, pero no estoy seguro de cómo el hardware simplemente no puede generar una señal adecuada.