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phyloseq: Error en input$map_loaded: el operador $ no está definido para esta clase S4.

10 Jun, 2023 Programación

Estoy intentando hacer un gráfico NDMS con la función plot_ordinate en phyloseq y sigo recibiendo este error. Anteriormente me funcionó. Este es mi código.

r
dist <- phyloseq::distance(rf.indpig.decomp, method="bray")
ordination <- ordinate(rf.indpig.decomp, method="NDMS",
distance=dist)
plot_ordination(rf.indpig.decomp, ordination,
color="decomp.stage",shape="location")

Error en input$map_loaded: operador $ no está definido para esta clase S4;

Recibo esta respuesta después de plot_ordination.

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Parece que rf.indpig.decomp es un objeto de la clase phyloseq que contiene datos para comunidades microbianas.

    El error que está recibiendo sugiere que hay un problema con los datos de entrada o cómo se están procesando. Una posible causa es que el objeto no se haya cargado correctamente o que pueda existir un problema con los datos en sí mismos.

    Para resolver este problema, intente lo siguiente:

    • Verifique que el objeto phyloseq se haya cargado correctamente y que todos los paquetes requeridos estén instalados.
    • Asegúrese de que los objetos dist y ordination se hayan creado sin errores.
    • Verifique nuevamente que los argumentos color y shape sean nombres de columna válidos en el objeto rf.indpig.decomp o use valores apropiados.
    • Intente ejecutar la función plot_ordination por separado en el objeto ordination para ver si funciona.
    • Si ninguna de las sugerencias anteriores ayuda, intente reinstalar o actualizar el paquete phyloseq y reiniciar la sesión de R.

    Siguiendo los consejos anteriores, debería poder resolver el problema con la función plot_ordination y crear gráficos NDMS con éxito.

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