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Errores en la instalación de Homebrew y git.

31 Jul, 2023 Programación

Estoy tratando de trabajar en un servidor externo basado en Linux. Necesito instalar Homebrew y Anaconda. Así que, he instalado Anaconda como de costumbre en mi directorio de inicio. Pero cuando intenté instalar Homebrew, obtuve los siguientes errores:

fatal: el archivo empaquetado .git/objects/pack/pack-9d2d97f367d3ebfa65a3b708b2d87333a8eb2bf0.pack no se puede mapear: No se puede asignar memoria

error: https://github.com/Homebrew/homebrew-core no envió todos los objetos necesarios

Error durante: git fetch –force origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

Bueno, luego intenté instalar git usando conda. Sin embargo, me encontré con otro error, que es:

libgcc_s.so.1 debe ser instalado para que pthread_cancel funcione

Intenté instalar la biblioteca GCC usando este enlace https://stackoverflow.com/questions/23312047/how-do-i-compile-and-run-gcc-4-9-x

Pero una vez más, me encontré con el problema de “no se puede asignar memoria”. Como estoy trabajando en un clúster externo con muchas CPUs, asumo que tengo suficiente memoria y espacio porque estoy trabajando con muchos genomas.

Además, no puedo usar sudo ya que no tengo autorización para hacerlo. También intenté obtener el comando apt-get pero muestra que apt-get command not found.
¿Alguien puede ayudarme a resolver estos problemas?
Gracias.

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Solución para instalar Homebrew y Anaconda en un servidor externo de Linux

    Error: No se puede asignar memoria al instalar Homebrew

    El error “No se puede asignar memoria” al instalar Homebrew en un servidor externo de Linux puede ocurrir si el sistema no tiene suficiente memoria para asignar.

    Para resolver este problema, intente aumentar la asignación de memoria para su servidor o use una máquina con mayor capacidad.

    Alternativamente, puede intentar limpiar la memoria caché en su sistema para liberar espacio. Use el comando free -m para verificar la memoria disponible en su sistema.

    Error: libgcc_s.so.1 debe estar instalado para que funcione pthread_cancel

    Para instalar la biblioteca GCC y resolver el error “libgcc_s.so.1 debe estar instalado para que funcione pthread_cancel”, siga los siguientes pasos:

    1. Vaya al directorio gcc.gnu.org.

    2. Descargue la versión de GCC que desea instalar. (tar xzf gcc-9.3.0.tar.gz)

    3. Extraiga el archivo descargado. (cd gcc-9.3.0/)

    4. Configure el paquete para la instalación. (./configure --disable-multilib --enable-languages=c,c++)

    5. Instale el paquete del compilador GCC. (make)

    6. Configure la variable PATH con los directorios de instalación (export PATH=$HOME/gcc-9.3.0:$PATH).

    No se puede usar el comando sudo o apt-get

    Si no tiene autorización para usar el comando sudo, intente contactar al administrador del sistema para obtener acceso.

    Si el comando apt-get no se encuentra, puede usar otro administrador de paquetes como yum o dnf si ya están instalados en su sistema.

    Si ninguno de estos métodos funciona, puede intentar compilar e instalar el paquete desde el código fuente.

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