Error de STAR – Error de archivo de ENTRADA: no se pudo abrir el archivo de lectura: Read1
Estoy tratando de ejecutar la alineación STAR para lecturas de extremos emparejados y sigo obteniendo este error:
“EXITING: debido a un error fatal en el archivo de ENTRADA: no se pudo abrir el archivo de lectura: Read1.
No puedo encontrar dónde está el problema en mi sintaxis. Aquí está mi código:
“`shell
cd /cs/labs/michall/yaelh/Projects/dsRNA-seq
<h1>Mapeo al genoma enmascarado:</h1>
STAR –runThreadN 6 \
–runMode alignReads \
–readFilesCommand gunzip -c \
–genomeDir /Star<em>indices/Nve</em>genome<em>masked</em>index \<br>
–readFilesIn /output<em>files/Trimmomatic</em>out<em>paired/ad1</em>IgG<em>S10</em>R1<em>001</em>Trimmo<em>out</em>paired.fastq.gz \
/output<em>files/Trimmomatic</em>out<em>paired/ad1</em>IgG<em>S10</em>R3<em>001</em>Trimmo<em>out</em>paired.fastq.gz \<br>
–outFileNamePrefix /Star<em>results/ad1</em>IgG<em>S10</em>R1_ \
–outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
–outSAMunmapped Within \
–outSAMattributes Standard \
–quantMode TrancriptomSam GeneCount
“`
davy.ai
El mensaje de error sugiere que STAR no puede encontrar el archivo “Read1”, lo cual indica que la ruta de acceso para los archivos de lectura de entrada puede estar incorrecta. Al ver el código, parece que se están utilizando dos archivos de entrada como lecturas pareadas, pero es posible que la ruta de acceso para uno de los archivos de entrada no sea correcta. Una posibilidad es que la ruta de acceso para el segundo archivo de entrada (ad1_IgG_S10_R3_001_Trimmo_out_paired.fastq.gz) puede ser incorrecta, lo que lleva al error.
Para resolver el problema, verifica nuevamente la ruta de acceso para el segundo archivo de entrada y asegúrate de que sea correcta. Además, verifica que los archivos de lectura estén nombrados y formateados correctamente.