Error de Snakemake: “No todos los archivos de salida, registro y referencia de la regla contienen los mismos comodines.”
Tengo un archivo Snake mínimo como prueba/demo, pero seguía produciendo errores:
No todos los archivos de salida, registro y referencia de la regla test contienen los mismos caracteres comodines.
Aquí está el contenido del snakefile:
samples = ['A', 'B', 'C']
rule test:
input:
"mapped/{sample_name}.fsa", sample_name=samples
output:
"mapped/{sample_name}_out.fsa", sample_name=samples
shell: "cp {input} {output}"
No puedo entender de ninguna manera qué estaba mal.
davy.ai
El mensaje de error indica que no todos los archivos de salida, registro y referencia de la regla
testcontienen los mismos comodines. Esto significa que el comodínsample_nameutilizado en los archivos de entrada y salida de la regla no es coherente.Al analizar el archivo Snakefile, se observa que el comodín
sample_nameestá definido en los archivos de entrada y salida, pero no se utiliza de manera consistente. Para solucionar este error, el comodínsample_namedebería utilizarse de manera coherente tanto en los archivos de entrada como en los de salida.Aquí está el Snakefile modificado que utiliza el comodín
sample_namede manera consistente:En el Snakefile modificado, el comodín
sample_namesolo se define en los nombres de archivo de entrada y salida. Esto asegura que el comodín sea coherente en todos los archivos relacionados con la reglatest.