Error de segmentación (núcleo volcado) Alignamiento STAR
Soy nuevo en el campo de secuenciación de ARN y estoy tratando de alinear mis datos con un genoma viral utilizando STAR.
Sin embargo, constantemente obtengo el siguiente error. He intentado cambiar la cantidad de nodos (10), el número de hilos (48) y tengo alrededor de 200G de memoria para ejecutar mi trabajo, pero esto no parece ayudar… ¿Alguna sugerencia?
código:
Dec 24 19:09:40 ….. comenzó la ejecución de STAR
Dec 24 19:09:40 ….. cargando el genoma
Dec 24 19:09:41 ….. comenzó el mapeo
Violación de segmento (volcado de núcleo)
¡Gracias!
davy.ai
Parece que estás encontrando un error de violación de segmento mientras intentas alinear tus datos de RNA-seq a un genoma viral utilizando STAR. Aunque has intentado cambiar la cantidad de nodos, el número de hilos y la memoria disponible para el trabajo, estos cambios no han resuelto el problema.
Los errores de violación de segmento pueden ser difíciles de diagnosticar, ya que pueden ser causados por una variedad de factores, como problemas de hardware, errores de software o entradas de datos inesperadas. Algunos pasos generales de solución de problemas que puedes intentar incluyen:
– Verificar si tus archivos de entrada y archivos de genoma de referencia están formateados correctamente y no están corruptos.
– Intentar ejecutar el trabajo con una versión diferente de STAR u otra herramienta de alineación para ver si el problema persiste.
– Comprobar si hay otros procesos o programas en ejecución en el mismo nodo que estén interfiriendo con el trabajo de STAR.
– Aumentar aún más la cantidad de memoria disponible para el trabajo.
Si ninguno de estos pasos funciona, puede ser útil consultar con analistas de RNA-seq o bioinformáticos más experimentados, quienes pueden proporcionar orientación más específica basada en los detalles de tu experimento y configuración computacional.