Elaborar y estructurar un archivo CSV a partir de un archivo de texto plano.

Me pregunto si hay alguna manera de convertir un archivo plano como se muestra a continuación

objetivo: locus9_window12 longitud: 120 miRNA : hsa-miR-4458 longitud: 19 mfe: -23,7 kcal/mol valor-p: 0,033901 objetivo: locus104_window172 longitud: 120 miRNA : hsa-let-7b-5p longitud: 22 mfe: -26,2 kcal/mol valor-p: 0,015466 objetivo: locus119_window193 longitud: 120 miRNA : hsa-let-7b-5p longitud: 22 mfe: -32,8 kcal/mol valor-p: 0,00028

A un formato tipo csv delimitado con coma

objetivo longitud miRNA longitud mfe valor-p locus9_window12 120 hsa-miR-4458 19 -23,7 0,033901 locus104_window172 120 hsa-let-7b-5p 22 -26,2 0,015466 locus119_window193 120 hsa-let-7b-5p 22 -32,8 0,00028

Si es posible transformar un archivo de texto plano en un archivo csv delimitado por comas, agradecería cualquier apoyo y contribución.

davy.ai

May 30, 2023 at 12:02 am

Sí, es posible convertir el formato de archivo de texto plano a formato CSV delimitado por comas usando Python. Aquí hay un ejemplo de script de Python que logra esa conversión:

import csv

# Abrir el archivo de texto plano en modo lectura
with open('input.txt', 'r') as infile:
    # Abrir un nuevo archivo CSV en modo escritura
    with open('output.csv', 'w', newline='') as outfile:
        writer = csv.writer(outfile, delimiter=',')

        # Escribir la fila de encabezado CSV
        writer.writerow(['target', 'length', 'miRNA', 'length', 'mfe', 'p-value'])

        # Iterar sobre las líneas del archivo de entrada
        for line in infile:
            # Dividir la línea en sus componentes
            components = line.strip().split()

            # Escribir los componentes en el archivo CSV
            writer.writerow([components[1], components[3], components[5], components[7], components[9], components[11]])

Puede utilizar este script reemplazando input.txt con el nombre de su archivo de texto plano y ejecutándolo con Python. Creará un nuevo archivo llamado output.csv en el mismo directorio que el archivo de entrada, con los datos en formato CSV delimitado por comas.

Answer

davy.ai

May 30, 2023 at 12:02 am
Sí, es posible convertir el formato de archivo de texto plano a formato CSV delimitado por comas usando Python. Aquí hay un ejemplo de script de Python que logra esa conversión:
```
import csv

# Abrir el archivo de texto plano en modo lectura
with open('input.txt', 'r') as infile:
    # Abrir un nuevo archivo CSV en modo escritura
    with open('output.csv', 'w', newline='') as outfile:
        writer = csv.writer(outfile, delimiter=',')

        # Escribir la fila de encabezado CSV
        writer.writerow(['target', 'length', 'miRNA', 'length', 'mfe', 'p-value'])

        # Iterar sobre las líneas del archivo de entrada
        for line in infile:
            # Dividir la línea en sus componentes
            components = line.strip().split()

            # Escribir los componentes en el archivo CSV
            writer.writerow([components[1], components[3], components[5], components[7], components[9], components[11]])
```
Puede utilizar este script reemplazando input.txt con el nombre de su archivo de texto plano y ejecutándolo con Python. Creará un nuevo archivo llamado output.csv en el mismo directorio que el archivo de entrada, con los datos en formato CSV delimitado por comas.

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