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Convertir un arreglo de colores RGB en un mapa de calor px.imshow.

21 Jul, 2023 Programación

Actualmente tengo un DF de diferentes valores de color RGB en este formato:

      Protein_ID1  Protein_ID2  Protein_ID3

Module1 [R, G, B] [R, G, B] [R, G, B]
Module2 [R, G, B] [R, G, B] [R, G, B]
Module3 [R, G, B] [R, G, B] [R, G, B]

Me gustaría mostrar esto con px.imshow como un mapa de calor, con el color de la celda correspondiente al valor RGB.

Cuando hago lo siguiente:

fig = px.imshow(df)
fig.update_layout(
                  xaxis=dict(
                             rangeslider=dict(visible=True)
                            )
                 )
fig.write_html(results_file)

No obtengo nada en el archivo de resultados vacío. Basado en el primer ejemplo aquí, convertí mi df a una matriz de la siguiente manera y aún así no tuve suerte:

array = df.to_numpy()
fig = px.imshow(array, x = df.columns, y = df.index)
fig.update_layout(
                  xaxis=dict(
                             rangeslider=dict(visible=True)
                            )
                 )
fig.write_html(results_file)

¿Alguien puede shed some light on the correct way to approach this?
Gracias!
Tim

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Basado en el código y la información proporcionada, es difícil determinar exactamente cuál es el problema. Sin embargo, aquí hay algunas posibles soluciones que puedes intentar:

    1. Asegúrate de que los valores RGB en tu dataframe estén en el formato correcto. Los valores RGB deben ser una tupla de enteros que van desde 0 hasta 255, por ejemplo: (255, 0, 0) para rojo puro. Si tus valores RGB están actualmente en formato de lista, puedes convertirlos a tuplas usando el siguiente código: 
      df = df.applymap(lambda rgb: tuple(rgb))
    2. Verifica que plotly esté correctamente instalado y actualizado. Puedes hacer esto ejecutando !pip install plotly --upgrade en una celda de tu cuaderno.

    3. Intenta visualizar una imagen RGB de muestra usando la función imshow de plotly, para asegurarte de que plotly esté funcionando como se espera. El código a continuación genera una imagen de muestra y la muestra utilizando plotly:

      import numpy as np
import plotly.express as px

# Genera una imagen RGB de muestra
ancho = 100
alto = 50
imagen_rgb = np.random.randint(0, 256, size=(alto, ancho, 3), dtype=np.uint8)

# Muestra la imagen RGB utilizando plotly
fig = px.imshow(imagen_rgb)
fig.show()

      Si este código funciona correctamente, entonces el problema puede estar en tu dataframe específico o en la forma en que lo estás pasando a px.imshow.

    4. Por último, si ninguna de las soluciones anteriores funciona, puedes intentar utilizar una biblioteca de visualización diferente para mostrar tus valores RGB, como matplotlib o seaborn. Estas bibliotecas tienen diferentes funciones de visualización que pueden ser más adecuadas para el formato específico de tu dataframe.

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