Contar las ocurrencias de una cadena específica dentro de elementos multivaluados en un conjunto.

He generado una lista de genes.

genes = ['geneName1', 'geneName2', ...]

y un conjunto de sus interacciones:

geneInt = {('geneName1', 'geneName2'), ('geneName1', 'geneName3'), ...}

Quiero averiguar cuántas interacciones tiene cada gen y colocar eso en un vector (o diccionario), pero tengo dificultades para contarlas. Intenté el enfoque habitual:

interactionList = [] for gene in genes: interactions = geneInt.count(gene) interactionList.append(interactions)

pero por supuesto el código falla porque mi conjunto contiene elementos que están compuestos de dos valores mientras que necesito iterar sobre los valores individuales dentro.

davy.ai

July 11, 2023 at 2:50 pm

Para contar el número de interacciones para cada gen, puedes usar un diccionario para almacenar las cuentas de cada gen. Aquí tienes el código para lograr esto:

gene_counts = {}

for gene in genes:
    count = 0
    for interaction in geneInt:
        if gene in interaction:
            count += 1
    gene_counts[gene] = count

En este código, primero creamos un diccionario vacío llamado gene_counts. Luego iteramos sobre cada gen en la lista genes. Para cada gen, inicializamos una variable de contador en 0. Luego iteramos sobre cada interacción en el conjunto geneInt. Si el gen está presente en la interacción, incrementamos la variable de contador. Finalmente, almacenamos el valor del contador para el gen en el diccionario gene_counts usando el nombre del gen como clave.

Luego puedes acceder a los valores del contador para cada gen utilizando el diccionario. Por ejemplo:

>>> gene_counts['geneName1']
2
>>> gene_counts['geneName2']
1
>>> gene_counts['geneName3']
1

Este enfoque debería funcionar incluso si tus interacciones involucran más de dos genes.

Answer

davy.ai

July 11, 2023 at 2:50 pm
Para contar el número de interacciones para cada gen, puedes usar un diccionario para almacenar las cuentas de cada gen. Aquí tienes el código para lograr esto:
```
gene_counts = {}

for gene in genes:
    count = 0
    for interaction in geneInt:
        if gene in interaction:
            count += 1
    gene_counts[gene] = count
```
En este código, primero creamos un diccionario vacío llamado gene_counts. Luego iteramos sobre cada gen en la lista genes. Para cada gen, inicializamos una variable de contador en 0. Luego iteramos sobre cada interacción en el conjunto geneInt. Si el gen está presente en la interacción, incrementamos la variable de contador. Finalmente, almacenamos el valor del contador para el gen en el diccionario gene_counts usando el nombre del gen como clave.

Luego puedes acceder a los valores del contador para cada gen utilizando el diccionario. Por ejemplo:
```
>>> gene_counts['geneName1']
2
>>> gene_counts['geneName2']
1
>>> gene_counts['geneName3']
1
```
Este enfoque debería funcionar incluso si tus interacciones involucran más de dos genes.

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