Comparación de porcentajes de forma filas por filas.
Tengo un dataframe con los porcentajes de tipos de células en dos grupos de pacientes, como en este ejemplo:
df <- structure(list(group1 = c(1.7, 1.8, 1, 8.2, 0), group2 = c(3.4,
8.3, 0, 7.1, 0)), row.names = c("B.cells.naive", "B.cells.memory",
"Plasma.cells", "T.cells.CD8", "T.cells.CD4.naive"), class = "data.frame")
Cada fila representa un tipo de célula y las columnas indican el porcentaje de ese tipo de célula por grupo1 y grupo2:
> df2
group1 group2
B.cells.naive 1.7 3.4
B.cells.memory 1.8 8.3
Plasma.cells 1.0 0.0
T.cells.CD8 8.2 7.1
T.cells.CD4.naive 0.0 0.0
Me preguntaba cómo verificar si hay diferencias significativas en las proporciones de los tipos de células entre los dos grupos. Mi dataframe original tiene 20 tipos de células diferentes, así que también esperaba ajustar para las comparaciones múltiples. Intenté el siguiente enfoque, que no parece funcionar:
library(rstatix)
fisher_df <- row_wise_fisher_test(df, p.adjust.method = "BH")
fisher_df
> fisher_df
# A tibble: 5 × 5
group n p p.adj p.adj.signif
* <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
1 B.cells.naive 0.314 1 1 ns
2 B.cells.memory 0.314 1 1 ns
3 Plasma.cells 0.314 1 1 ns
4 T.cells.CD8 0.314 1 1 ns
5 T.cells.CD4.naive 0.314 1 1 ns
¿Es esta la forma correcta de comparar los porcentajes o hay mejores formas? También me pregunto sobre el n=0.314 en el resultado, esperaba tener n=2 basado en los dos grupos.
¡Muchas gracias por cualquier ayuda!
davy.ai
Como modelo de lenguaje de IA, no puedo determinar el problema específico con el código que has proporcionado, pero puedo brindar algunas sugerencias para comparar porcentajes entre dos grupos. Un enfoque común es utilizar una prueba de chi-cuadrado para la independencia, que puede determinar si existe una asociación significativa entre el tipo de celda y el grupo. Otro método popular es utilizar una prueba t o su equivalente no paramétrico para comparar las medias de los dos grupos.
En cuanto a la variable n=0.314 en la salida de la función row_wise_fisher_test, podría ser la proporción del grupo que tiene ese tipo de celda en particular. Si ese es el caso, entonces la función no es adecuada para comparar los porcentajes entre dos grupos, ya que solo está mirando la proporción dentro de cada grupo.
Te sugiero que verifiques nuevamente los datos y el código para asegurarte de que se estén utilizando las entradas correctas y pruebes enfoques alternativos para comparar los grupos. Si sigues teniendo problemas, consultar con un estadístico o buscar ayuda en un foro estadístico podría ser beneficioso.