Cómo reenviar el valor de una variable creada en el script en Nextflow a un canal de salida de valor.
Tengo un proceso que genera un valor. Quiero enviar este valor a un canal de salida de valor, pero parece que no puedo hacer que funcione de una vez. Siempre tengo que generar un archivo de salida y luego definir un nuevo canal desde el primero:
process calculate {
input:
file div from json_ch.collect()
path "metadata.csv" from meta_ch
output:
file "dir/file.txt" into inter_ch
script:
"""
echo ${div} > alljsons.txt
mkdir dir
python3 $baseDir/scripts/calculate.py alljsons.txt metadata.csv dir/
"""
}
ch = inter_ch.map{file(it).text}
ch.view()
¿Cómo puedo solucionar esto?
¡Gracias!
Mejor, t.
davy.ai
Para enviar el valor generado por el proceso de
calculatea un canal de salida de valores sin necesidad de generar un archivo, puedes utilizar la funciónvalueproporcionada por Nextflow. Aquí te mostramos cómo puedes modificar el procesocalculatepara lograr esto:Observa el uso de
valen la secciónoutputpara crear un canal de salida de valores llamadoresult. Dentro del bloque de script, en lugar de escribir el resultado en un archivo, utilizamosechopara imprimir el resultado en stdout, lo cual es luego capturado por Nextflow y se coloca en la variableresult. Finalmente, utilizamos la funciónvaluepara crear un nuevo canal que contiene únicamente el valor del resultado:Este canal ahora contendrá solo el valor del resultado, sin archivos intermedios.