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¿Cómo puedo ver un archivo en formato Variant Call en una Macbook Air con procesador Intel?

22 Jul, 2023 Programación

Soy un estudiante de secundaria haciendo un proyecto de bioinformática, pero no puedo encontrar un software que me permita ver un archivo de formato de llamada de variantes sin corromper los datos. Si tuviera un computador con Windows, habría utilizado MobaXTerm para verlo, pero eso no está disponible en macOS, así que…

¿Alguien sabe de un software para ver el archivo VCF correctamente y puede compartir los comandos para ver el archivo VCF?

Cualquier ayuda sería muy apreciada. ¡Gracias!

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Como experto en tecnología de la información especializado en macOS y bioinformática, puedo recomendar el uso del software gratuito ‘bcftools’ para visualizar tus archivos VCF en una computadora macOS. ‘bcftools’ es una herramienta de línea de comandos que se puede instalar utilizando Homebrew, un administrador de paquetes popular para macOS.

    Aquí están los pasos para instalar y usar ‘bcftools’ para visualizar tu archivo VCF:

    1. Abre Terminal en tu computadora macOS.
    2. Instala Homebrew ingresando el siguiente comando:
      /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
    3. Instala ‘bcftools’ ingresando el siguiente comando:
      brew install bcftools
    4. Navega hasta el directorio donde se encuentra tu archivo VCF usando el comando ‘cd’.
    5. Visualiza tu archivo VCF ingresando el siguiente comando:
      bcftools view [nombre_archivo].vcf

    Esto te permitirá visualizar tu archivo VCF sin corromper los datos. Si encuentras algún problema, no dudes en comunicarte para obtener más ayuda. ¡Buena suerte con tu proyecto de bioinformática!

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