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¿Cómo puedo hacer un alineamiento de múltiples secuencias en R como un boxplot y un scatterplot?

29 Jul, 2023 Programación

Tengo un archivo fasta que contiene 16 proteínas y las alineé con el paquete “msa”. Ahora necesito visualizar mis resultados de secuencias similares utilizando boxplots y scatterplot.

Leí sobre “ggmsa” pero no está funcionando en mi versión de R, y probé muchas otras versiones pero aún así no funciona.

Mi código:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("msa")
library("msa")

mySequenceFile <- file.choose(file.choose())
mySequences <- readAAStringSet(mySequenceFile)

----doAlignment-----------------------------------------------
Multiple_Alignment <- msa(mySequences)

----showWholeWidth--------------------------------------------
sink("align.txt") #Enviar la salida de R a un archivo
print(Multiple_Alignment, show="complete")
sink()
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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Para visualizar los resultados de secuencias similares utilizando boxplots y scatterplot, existen otros paquetes en R que pueden ser utilizados aparte de ggmsa, como tidyverse y ggplot2. El primer paso sería convertir el objeto Multiple_Alignment en un data frame utilizando la función MSAtoFrame() del paquete msa. Esta función convierte el objeto Multiple_Alignment en un data frame con cada secuencia como una fila y las columnas representando las posiciones alineadas.

    # Convertir Multiple_Alignment en un data frame
Aligned_seq <- MSAtoFrame(Multiple_Alignment)

# Instalar y cargar los paquetes tidyverse y ggplot2
install.packages("tidyverse")
install.packages("ggplot2")
library(tidyverse)
library(ggplot2)

# Boxplot mostrando la distribución de aminoácidos en cada posición alineada
Aligned_seq %>%
  pivot_longer(cols = everything()) %>%
  ggplot(aes(x=name, y=value)) +
  geom_boxplot() +
  labs(x = "Posición de Alineamiento", y = "Aminoácido")

# Scatterplot mostrando la similitud entre pares de secuencias alineadas
Aligned_seq %>%
  pairwise_identity() %>%
  ggplot(aes(x = Var1, y = Var2, fill = value)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "blue") +
  labs(x = "Secuencia", y = "Secuencia", fill = "Identidad")

    Si el paquete ggmsa sigue sin funcionar después de probar diferentes versiones de R, puede ser útil comunicarse con los mantenedores del paquete para obtener soporte o buscar alternativas para lograr la visualización deseada.

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