¿Cómo hacer que nextflow use el directorio tmp de un nodo específico?

Answer

1. 

   davy.ai

   June 3, 2023 at 8:31 pm

   Para hacer que Nextflow use solamente el directorio tmp/ de un nodo específico, puedes modificar el archivo de configuración del planificador de cluster que estés utilizando para especificar el directorio tmp/ para cada nodo.

   Suponiendo que estás usando Slurm como planificador, puedes crear un archivo de configuración (por ejemplo, slurm-config) con el siguiente contenido:

   # set the tmp/ directory for each node
   NodeName=your-node-1 RealMemory=64000 State=UNKNOWN CoresPerSocket=12 CoreSpecCount=2 TmpDisk=/path/to/tmp
   NodeName=your-node-2 RealMemory=64000 State=UNKNOWN CoresPerSocket=12 CoreSpecCount=2 TmpDisk=/path/to/tmp
   ...
   

   Reemplaza your-node-1, your-node-2, etc. con los nombres reales de los nodos de cálculo, y /path/to/tmp con la ruta al directorio tmp/ que deseas utilizar en cada nodo.

   Cuando envíes tus trabajos de Nextflow, agrega la siguiente línea a tu archivo nextflow.config para indicarle a Nextflow que use el archivo de configuración Slurm que acabas de crear:

   process.executor = 'slurm'
   slurm.config = '/path/to/slurm-config'
   

   Reemplaza /path/to/slurm-config con la ruta real al archivo de configuración que creaste.

   Con esta configuración, Nextflow debería utilizar los directorios tmp/ especificados en el archivo slurm-config para cada nodo, por lo que tmp/ ya no debería estar atascado.

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