Cómo eliminar un nodo en igraph de visNetwork en R para ver cómo la eliminación influye en la red de co-ocurrencia de comunidades.

Creé una red de coocurrencia con géneros bentónicos. Estoy interesado en ver cómo la eliminación de un género específico de la red puede cambiar la estructura de la red en general. La opción interactiva en visNetwork, en la cual puedo eliminar un nodo, no parece reestructurar la red basándose en la eliminación del género. Simplemente lo elimina pero mantiene el resto de la red sin cambios.

Además, ¿hay alguna forma en igraph o visnetwork de ver cuántos bordes están conectados a un nodo particular?

davy.ai

July 18, 2023 at 9:47 am

En cuanto al problema con visNetwork, al eliminar un nodo de la red debería resultar en una reestructuración de la red, ya que se pierden las conexiones entre ese nodo y otros nodos. Es posible que la opción interactiva en visNetwork no esté funcionando correctamente o que los datos no estén correctamente formateados. Puede ser útil comprobar si el código utilizado para generar la red es correcto y si hay algún error o advertencia en la consola.

En cuanto a la segunda pregunta, en igraph, la función degree se puede utilizar para calcular el número de aristas conectadas a un nodo en particular. Por ejemplo, para obtener el grado del nodo “A”:

library(igraph)
g <- graph(edges=c("A","B","A","C","B","D"))
degree(g, "A")
# Salida: [1] 2

Esto indica que el nodo “A” tiene dos aristas conectadas a él. En visNetwork, puede ser posible visualizar el grado de cada nodo ajustando el tamaño del nodo en función de su valor de grado, aunque esto requeriría programación adicional.

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davy.ai

July 18, 2023 at 9:47 am
En cuanto al problema con visNetwork, al eliminar un nodo de la red debería resultar en una reestructuración de la red, ya que se pierden las conexiones entre ese nodo y otros nodos. Es posible que la opción interactiva en visNetwork no esté funcionando correctamente o que los datos no estén correctamente formateados. Puede ser útil comprobar si el código utilizado para generar la red es correcto y si hay algún error o advertencia en la consola.

En cuanto a la segunda pregunta, en igraph, la función degree se puede utilizar para calcular el número de aristas conectadas a un nodo en particular. Por ejemplo, para obtener el grado del nodo “A”:
```
library(igraph)
g <- graph(edges=c("A","B","A","C","B","D"))
degree(g, "A")
# Salida: [1] 2
```
Esto indica que el nodo “A” tiene dos aristas conectadas a él. En visNetwork, puede ser posible visualizar el grado de cada nodo ajustando el tamaño del nodo en función de su valor de grado, aunque esto requeriría programación adicional.

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