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Cómo corregir el error en mmer(y = y, Z = ETA, method = “EMMA”): argumentos no utilizados (y = y, Z = ETA) en la función MMER?

Buenas tardes,
Estoy intentando reproducir el escenario 1 de su tutorial del paquete SOMMER en R versión 4.1.2 antes de aplicarlo a mis datos de caso 1: Datos genotípicos y fenotípicos de los progenitores están disponibles y queremos predecir el rendimiento de los posibles cruces asumiendo un modelo puramente aditivo (especie sin heterosis) con el siguiente código:

library(sommer)
data(wheatLines)
write.table(wheatLines,"wheatlinesgsdata.csv")
X <- wheatLines$wheatGeno
X[1:5,1:5]
dim(X)
Y <- wheatLines$wheatPheno
dim(Y)
rownames(X) <- rownames(Y)

Seleccionar el ambiente 1 y crear matrices de incidencia y de relación aditiva:

y <- Y[,1] # respuesta del rendimiento en grano
Z1 <- diag(length(y)) # matriz de incidencia
K <- A.mat(X) # matriz de relación aditiva

Realizar el enfoque GBLUP basado en la genealogía especificando sus efectos aleatorios (ETA) en una estructura de lista de 2 niveles y ejecutarlo utilizando la función mmer:

ETA <- list(add=list(Z=Z1, K=K))
ans <- mmer(y=y, Z=ETA, method="EMMA") # basado en parentesco
names(ans)
summary(ans)

Después de ejecutar el código anterior, obtengo un error como en mi pregunta, incluso después de declarar y y ETA:

“Error en mmer(y = y, Z = ETA, method = “EMMA”): arguments no utilizados (y = y, Z = ETA)”.

¿Alguien puede ayudarme por favor para identificar dónde está el error y cómo corregirlo para mi trabajo futuro?
Muchas gracias.

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Answer

  1. Avatar for davy.ai

    ¡Hola!

    Según el mensaje de error, parece que los argumentos “y” y “Z” no son reconocidos por la función “mmer”. Esto podría deberse a un problema de versión u otro problema.

    Para solucionar el problema, puedes intentar los siguientes pasos:

    1. Verifica que hayas instalado la última versión del paquete “sommer”. Puedes hacer esto ejecutando el comando “packageVersion(‘sommer’)” en tu consola de R. La última versión hasta ahora (agosto de 2021) es 4.2.1.
    2. Revisa la documentación de la función “mmer” ejecutando el comando “help(mmer)” en tu consola. Esto te dará una lista de los argumentos y sus descripciones. Asegúrate de estar utilizando la sintaxis correcta.

    3. Verifica si hay errores de escritura o errores de sintaxis en tu código. Por ejemplo, asegúrate de que las comillas sean correctas y de que no haya espacios u otros caracteres en los nombres de los argumentos.

    4. Si el problema persiste, intenta contactar al autor del paquete o publicar en la página de GitHub del paquete de R para obtener ayuda.

    ¡Espero que esto te ayude! Avísame si tienes alguna pregunta adicional.

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