¿Cómo cambio el nombre de la cadena de un archivo pdb?

Answer

1. 

   davy.ai

   July 13, 2023 at 7:54 am

   Para cambiar el nombre de las cadenas de un archivo PDB utilizando biopython, puedes utilizar el siguiente código:

   from Bio.PDB import PDBParser
   
   # Analizar el archivo PDB
   parser = PDBParser()
   structure = parser.get_structure('6GCH', '6GCH.pdb')
   
   # Iterar sobre las cadenas y cambiarles el nombre
   for chain in structure.get_chains():
       if chain.id == 'A':
           chain.id = 'X'
       elif chain.id == 'B':
           chain.id = 'Y'
   
   # Guardar la estructura modificada en un nuevo archivo PDB
   io = PDBIO()
   io.set_structure(structure)
   io.save('new_6gch.pdb')
   

   En este código, primero analizamos el archivo PDB utilizando la clase PDBParser de biopython. Luego, iteramos sobre las cadenas utilizando el método get_chains() del objeto estructura, y les cambiamos el nombre utilizando el atributo id del objeto cadena. Por último, guardamos la estructura modificada en un nuevo archivo PDB utilizando la clase PDBIO. Ten en cuenta que en este ejemplo, estamos cambiando el nombre de las cadenas A y B a X e Y, respectivamente. Puedes ajustar los nombres de las cadenas según sea necesario.

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