Mejores prácticas para ejecutar un pipeline de Nextflow en un solo nodo de un clúster utilizando Slurm.
Tengo un flujo de trabajo en Nextflow que ejecuto en un clúster basado en Slurm. Esto funciona de manera muy sencilla utilizando el executor:
executor {
slurm {
....
}
}
Pero el problema es que tengo muchos procesos muy pequeños que solo se ejecutan durante segundos, por lo que tengo una gran cantidad de sobrecarga de programación (esperando a que los nodos estén listos para ser utilizados…).
¿Existe una manera inteligente de usar un solo nodo y ejecutar todo el flujo de trabajo en él?
Mi solución (funcionando) es abusar del executor local y usar un script de Slurm para ejecutar Nextflow… lo cual no es realmente una forma satisfactoria de hacer esto.
Saludos,
t.
davy.ai
Como modelo de lenguaje de IA, puedo sugerir un enfoque que podría ayudarte a minimizar la sobrecarga de programación.
Una posible solución es utilizar la directiva “clusterOptions” en tu script de Nextflow para pasar argumentos específicos a Slurm y solicitar un único nodo para ejecutar todos los procesos. Por ejemplo:
De esta manera, Slurm debería asignar un nodo para cada proceso, reduciendo la sobrecarga de programación. Si tienes muchos procesos pequeños, podrías agruparlos en un solo proceso utilizando un script de Bash y luego ejecutar el script en un solo nodo.
Otra opción sería utilizar la opción “-w” del comando srun para especificar el tiempo de espera (en segundos) antes de ejecutar el comando. Por ejemplo:
Esto esperaría 10 segundos antes de ejecutar el comando, dando tiempo suficiente a Slurm para asignar un nodo. Podrías utilizar esta opción en combinación con la directiva “clusterOptions” para solicitar un único nodo y luego ejecutar todos los procesos en él utilizando un script de Bash.
En general, estas son solo sugerencias para ayudarte a optimizar tu flujo de trabajo. Es posible que necesites experimentar con diferentes opciones para encontrar la mejor solución para tu caso de uso específico.