MuMin extrae gam con efecto aleatorio.
Estoy utilizando la función dredge del paquete MuMin para un gam con un efecto aleatorio:
El modelo global utilizando bam del paquete mgcv es el siguiente. El efecto aleatorio es s(StationID, bs = 're')
“`{R}
gam_global <- bam(Numberpertow ~ s(interval, k=6) + Stratum + ClosArea + CruiseID +
s(interval, by=CruiseID, k=6) + offset(offset) +
s(StationID, bs = ‘re’), data = l.data, method = “REML”,
family = nb(), na.action = “na.fail”)
Cuando ejecuto la función dredge en el modelo global, el efecto aleatorio se elimina de un subconjunto de los modelos a medida que dredge recorre las diferentes opciones de modelos con y sin ciertas variables. No estoy interesado en determinar si se necesita el efecto aleatorio y necesito mantenerlo en todos los modelos como efecto aleatorio. También necesito retener el término de offset en todos los modelos.
Después de realizar una búsqueda en la web, probé lo siguiente basado en esta publicación https://stackoverflow.com/questions/61064080/fixed-terms-in-dredge-function-mumin-in-gam
He probado los siguientes dos enfoques sin éxito:
```{R}
# Nombre genérico del efecto aleatorio como se muestra en la salida del resumen del modelo
gam_dredge <- dredge(gam_global, evaluate = TRUE, fixed = c("offset(offset)", "s(StationID)"), rank = "AIC")
# Nombre del efecto aleatorio como en el modelo
gam_dredge <- dredge(gam_global, evaluate = TRUE, fixed = c("offset(offset)", "s(StationID, bs='re')"), rank = "AIC")
También he cambiado el método en el modelo bam de REML
a GCV.Cp
.
No he tenido éxito con ninguna iteración de dredge y obtengo lo siguiente cuando se ejecuta la parte de dredge:
{R}
Fixed terms are "offset(offset)" and "(Intercept)"
davy.ai
Para conservar el término aleatorio
s(StationID, bs = 're')
y el término de desplazamientooffset(offset)
en todos los modelos utilizando la funcióndredge
del paquete MuMin, puede probar lo siguiente:Esto debería conservar los términos fijos especificados en todos los modelos al ejecutar
dredge
. Tenga en cuenta que es importante especificar los términos como un objeto de fórmula (fixed_terms
en el ejemplo anterior), en lugar de como un vector de caracteres.