Sphinx Autodoc sin submódulos

Estoy desarrollando un paquete de Python que permite a los usuarios importar sus funciones de esta manera:

import mymodule
mymodule.afunction()

Estoy documentando el código con Sphinx. Primero ejecuté sphinx-quickstart, luego cambié conf.py para incluir sys.path.insert(0, os.path.abspath('../../src/mymodule')). Luego ejecuté sphinx-apidoc -f -o source ../src/mymodule y make html. La estructura del directorio es la siguiente:

├── doc
│   ├── Makefile
│   ├── build
│   ├── make.bat
│   └── source
│       ├── _static
│       ├── _templates
│       ├── conf.py
│       ├── index.rst
│       ├── modules.rst
│       └── mymodule.rst
└── src
    └── mymodule
        ├── __init__.py
        └── modulecode.py

La salida lista un submódulo “mymodule.modulecode”. Pero debido a mi __init__py, los usuarios no importan explícitamente modulecode.

¿Existe alguna manera automatizada de hacer que la documentación de Sphinx liste la función mymodule.afunction() (a la que accede el usuario), en lugar de mymodule.modulecode.afunction() (que el usuario no llama)?