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Editar tablas con RStudio

31 Jul, 2023 Programación
Phylum Abundance
Bacteroidetes 12
Firmicutes 4
Proteobacteria 3
Firmicutes 21
Firmicutes 9
Bacteroidetes 15
Proteobacteria 3
Bacteroidetes 8
Verrucomicrobia 2
Bacteroidetes 5

Mi pregunta es que tengo una tabla como la de arriba en R Studio. Quiero escribir esta tabla combinando las filas similares en la columna de “Phylum” en una nueva tabla y sumando los valores de la columna “Abundance” mientras hago esto, pero no he encontrado una manera. Ejemplo de resultado:

Phylum Abundance
Firmicutes 34
Bacteroidetes 40
Proteobacteria 6
Verrucomicrobia 2

¿Puedes ayudarme a encontrar el código que me permita obtener el resultado anterior? Gracias de antemano.

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Para lograr esto, puedes utilizar las funciones group_by() y summarize() de dplyr.

    Aquí tienes un ejemplo de código:

    library(dplyr)

# crear un data frame con la tabla proporcionada
df <- data.frame(
  Phylum = c("Bacteroidetes", "Firmicutes", "Proteobacteria", "Firmicutes", 
             "Firmicutes", "Bacteroidetes", "Proteobacteria", "Bacteroidetes", 
             "Verrucomicrobia", "Bacteroidetes"),
  Abundance = c(12, 4, 3, 21, 9, 15, 3, 8, 2, 5)
)

# agrupar el data frame por Phylum y calcular la abundancia total para cada Phylum
df2 <- df %>%
  group_by(Phylum) %>%
  summarize(Abundance = sum(Abundance))

# imprimir el nuevo data frame
df2

    El código anterior dará como resultado lo siguiente:

    # A tibble: 4 x 2
  Phylum         Abundance
  <chr>              <dbl>
1 Bacteroidetes         40
2 Firmicutes            34
3 Proteobacteria         6
4 Verrucomicrobia        2

    Este nuevo data frame df2 contiene la abundancia total para cada Phylum, al igual que la salida de ejemplo que proporcionaste.

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