La salida HTML generada por R Notebook tiene un orden incorrecto y presenta un error extraño.

Estoy teniendo un problema extraño con un archivo de cuaderno R. Creo que el error podría haber comenzado cuando lo convertí a un archivo de markdown y luego de vuelta a un cuaderno. En mi script de R, no tengo problemas y todo está en orden. Cuando tejo el cuaderno a HTML, aparece un fragmento de código en el mismo lugar cada vez que no está en el orden correcto (este fragmento de código está más adelante en el documento) y obtengo una salida extraña:

<!-- rnb-text-end -->

<!-- rnb-chunk-begin -->

<!-- rnb-source-begin eyJkYXRhIjoiYGBgclxuI25ldyBhdmVyYWdlIGFtb3VudCBvZiB0aWNrZXRzXG5tZWFuKHRpY2tldHMpXG4jMC44XG5ubG9vcD0xMDAwMDBcbnNhbXBsZW1lYW49MTpubG9vcFxuZm9yKGlsb29wIGluIDE6bmxvb3ApIHtcbiAgeD1zYW1wbGUoMDozLDIwLHJlcGxhY2UgPSBUUlVFLHByPWMoLjY1LC4yNywuMDYsLjAyKSlcbiAgc2FtcGxlbWVhbltpbG9vcF09bWVhbih4KVxufVxuaGlzdChzYW1wbGVtZWFuLCBicj0xMDApXG4jd2hhdCdzIHByb2Igb2YgZ2V0dGluZyB0aGlzIG9yIG1vcmUgdGhhbiAwLjggKGN1cnJlbnQgYXZlcmFnZT8pXG5zdW0oc2FtcGxlbWVhbj49MC44KS9ubG9vcFxuYGBgIn0= -->

Después de esto, cambia todo mi formato, encabezados y códigos a texto en línea. No todo mi documento se ve afectado, sin embargo, no puedo encontrar una razón por la cual de repente funcione de nuevo. Si voy al archivo R y corto y pego el código de R que aparece fuera de lugar, parece funcionar. Sin embargo, otro fragmento de código ocupa su lugar.

He incluido capturas de pantalla ya que es más fácil visualizar, estoy seguro. También he investigado esta solución sobre el espacio en el nombre de mi fragmento, pero no creo que eso sea lo que está causando el problema: https://community.rstudio.com/t/html-notebook-error-in-rmarkdown/89440

TLDR: código fuera de orden en una salida extraña que solo afecta parte del cuaderno HTML. Estoy dispuesto a proporcionar más código o capturas de pantalla si eso es útil para alguien que pueda entender mejor este problema.