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Los procesos de pantalla continúan ejecutándose pero no pueden encontrar la pantalla original.

20 Jul, 2023 Programación

Soy nuevo en configurar procesos que se ejecutan a través de SSH en un servidor. Para permitirme alejarme y luego volver a ellos, estoy tratando de ejecutarlos en una sesión de pantalla.

  • Conectarse al servidor a través de SSH:
ssh myid@server.co.uk
  • Iniciar una sesión de pantalla:
screen -S myscreen
  • Ejecutar el proceso:
gatk CombineGVCFs \
   -R "/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.fasta" \
   --variant "/data/MSH3repeat_S1_L001_g.vcf.gz" \
   --variant "/data/20201028_CCDG_14151_B01_GRM_WGS_2020-08-05_chr5.recalibrated_variants.vcf.gz" \
   -O "/data/cohort.g.vcf.gz"

Cuando verifico las sesiones que se están ejecutando inmediatamente con screen -ls, puedo ver myscreen. Sin embargo, cuando apago la computadora y vuelvo al día siguiente, al ejecutar screen -ls, muestra que no hay sockets.

Creo que puede estar relacionado con el hecho de que cuando configuro una nueva pantalla con, por ejemplo, screen -S myscreen, siempre obtengo este error:

  File "/usr/bin/pixstor-notify", line 64
    print f.read().strip()
          ^
SyntaxError: invalid syntax

¡Pero no sé qué significa!

Sin embargo, la pantalla claramente aún está presente, ya que los archivos de salida continúan acumulándose en el destino de salida.

Actualización según el comentario:

  1. SSH en el servidor.

  2. Iniciar una pantalla:

$ screen -S demo_error
  1. La sesión de pantalla se abre con el error:
Last login: Sat Dec 18 10:59:31 on ttys003

The default interactive shell is now zsh.
To update your account to use zsh, please run `chsh -s /bin/zsh`.
For more details, please visit https://support.apple.com/kb/HT208050.

Aquí hay una captura de pantalla: enlace a la captura de pantalla

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Para abordar el problema de que la sesión de pantalla no persiste después de desconectar a través de ssh, puedes intentar usar el siguiente comando para volver a conectar a la sesión de pantalla una vez que te reconectes:

    screen -r myscreen

    Esto debería permitirte reanudar el proceso donde lo dejaste.

    En cuanto al mensaje de error que estás viendo al crear nuevas sesiones de pantalla, parece que puede haber un error de sintaxis en el script o comando que se ejecuta por defecto cuando se crea una nueva pantalla. El mensaje de error señala la línea 64 del archivo /usr/bin/pixstor-notify, por lo que puedes investigar ese archivo y ver si puedes identificar el error.

    Si no estás seguro de cómo hacer esto, puedes intentar abrir el archivo con un editor de texto y mirar la línea 64, o puedes intentar ejecutar el archivo en un intérprete de Python para ver si produce algún error de sintaxis. Alternativamente, puedes intentar desactivar el script/comando que se ejecuta por defecto al crear una nueva pantalla modificando el archivo ~/.screenrc.

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