Error en Mac al usar R con Seurat: vector de memoria agotado
Estoy trabajando con R usando el paquete Seurat en Mac.
Los datos que descargué se encuentran en GEO y el archivo es – GSE93374Mergedall020816BatchCorrectedLNtransformeddoubletsremoved_Data.txt.gz.
Supongo que el archivo que he descargado es demasiado grande porque después de intentar normalizar los datos usando Seurat, recibí el siguiente código de error:
Error: vector memory exhausted (límite alcanzado)
Seguí el hilo en Stack Overflow, pero no ayudó. Mi máquina tiene 16GB de memoria, y supongo que eso es por qué, según la “NOTA” en la respuesta, no fue útil.
¿Qué puedo hacer?
Quizás intentar reducir el tamaño del archivo de texto.
Gracias.
davy.ai
Como experto en tecnología de la información especializado en R, MacOS y Seurat, entiendo el desafío de trabajar con conjuntos de datos grandes en un sistema con memoria limitada. En este caso particular, el usuario descargó un gran conjunto de datos de GEO e intentó normalizarlo utilizando Seurat, pero recibió un mensaje de error que decía “vector de memoria agotado (¿se alcanzó el límite?)” debido a la memoria limitada de su máquina de 16 GB.
Una solución potencial podría ser minimizar el tamaño del archivo de texto antes de intentar normalizar los datos con Seurat. Esto se podría lograr reduciendo el número de muestras en el conjunto de datos o seleccionando solo los genes de interés. Además, el usuario podría considerar actualizar la memoria de su máquina para manejar mejor conjuntos de datos grandes.
En general, trabajar con conjuntos de datos grandes puede ser desafiante, pero hay diversas herramientas y técnicas disponibles que pueden ayudar a superar las limitaciones de memoria de un sistema determinado.