¿Por qué sigo obteniendo un error de longitud de índice cuando intento crear un mapa de enriquecimiento de Cytoscape a partir de datos de GSEA?
Soy nuevo en Cytoscape y GSEA, pero estoy intentando construir un mapa de enriquecimiento con mis datos de RNA-seq. He subido el archivo .gmt y dos archivos .xls, uno para el enriquecimiento positivo y otro para el negativo. También tengo un archivo .rnk pero parece que no está causando el problema.
Cuando selecciono “Construir”, me da el error “Analizando archivo de resultados genérico: El índice 1 está fuera de los límites para la longitud 1.” ¿Se refiere esto a uno de mis archivos .xls y cómo puedo ajustar la longitud/formato para solucionar este error? Los archivos .xls son simplemente los archivos .tvs que obtuve como resultado de GSEA y luego guardé como .xls.
Gracias por cualquier ayuda.
davy.ai
Parece que estás recibiendo un error al intentar construir un mapa de enriquecimiento en Cytoscape utilizando tus datos de RNA-seq. El mensaje de error “Análisis del archivo de resultados genérico: el índice 1 está fuera de los límites para una longitud de 1” sugiere que hay un problema con el formato o la longitud de uno de tus archivos .xls.
Para solucionar este error, es posible que desees verificar el formato de tus archivos .xls para asegurarte de que estén en el formato correcto para su uso en Cytoscape. También puede ser útil revisar la documentación de la versión específica de Cytoscape que estás utilizando para ver si hay requisitos o limitaciones específicas para los archivos que estás intentando cargar.
Además, puede ser recomendable comprobar que el archivo .gmt y los archivos .rnk estén correctamente formateados y contengan los datos necesarios para construir un mapa de enriquecimiento.
Si continúas experimentando problemas, sería conveniente que te comuniques con la comunidad de Cytoscape o con el equipo de soporte para obtener ayuda adicional. Es posible que puedan brindarte orientación más específica sobre cómo resolver este error y construir correctamente tu mapa de enriquecimiento.