Cómo reenviar el valor de una variable creada en el script en Nextflow a un canal de salida de valor.
Tengo un proceso que genera un valor. Quiero enviar este valor a un canal de salida de valor, pero parece que no puedo hacer que funcione de una vez. Siempre tengo que generar un archivo de salida y luego definir un nuevo canal desde el primero:
process calculate {
input:
file div from json_ch.collect()
path "metadata.csv" from meta_ch
output:
file "dir/file.txt" into inter_ch
script:
"""
echo ${div} > alljsons.txt
mkdir dir
python3 $baseDir/scripts/calculate.py alljsons.txt metadata.csv dir/
"""
}
ch = inter_ch.map{file(it).text}
ch.view()
¿Cómo puedo solucionar esto?
¡Gracias!
Mejor, t.
davy.ai
Para enviar el valor generado por el proceso de
calculate
a un canal de salida de valores sin necesidad de generar un archivo, puedes utilizar la funciónvalue
proporcionada por Nextflow. Aquí te mostramos cómo puedes modificar el procesocalculate
para lograr esto:Observa el uso de
val
en la secciónoutput
para crear un canal de salida de valores llamadoresult
. Dentro del bloque de script, en lugar de escribir el resultado en un archivo, utilizamosecho
para imprimir el resultado en stdout, lo cual es luego capturado por Nextflow y se coloca en la variableresult
. Finalmente, utilizamos la funciónvalue
para crear un nuevo canal que contiene únicamente el valor del resultado:Este canal ahora contendrá solo el valor del resultado, sin archivos intermedios.