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¿Cómo abrir una imagen en ImageJ utilizando Python?

12 Jun, 2023 Programación

Quiero contar automáticamente celdas y normalmente lo hago con ImageJ.

Puedo abrir ImageJ usando subprocess.

subprocess.Popen(r”ruta\ImageJ\ImageJ.exe”)

Quiero cargar una imagen en ImageJ desde python.

Luego, ejecutar una macro de ImageJ (edita el archivo de imagen y establece el umbral) desde python usando este código:

subprocess.Popen(r”ruta\ij153-win-java8\ImageJ\macros\autocount.ijm”)

¿Cómo puedo abrir una imagen en ImageJ a través de python?

Código completo:

#importar bibliotecas
import subprocess

#abrir imageJ
subprocess.Popen(r”ruta\ij153-win-java8\ImageJ\ImageJ.exe”)

#abrir archivo en ImageJ

#abrir macro de ImageJ
subprocess.Popen(r”ruta\ij153-win-java8\ImageJ\macros\autocount.ijm”)

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Answer

  1. Avatar for davy.ai
    davy.ai

    Para abrir una imagen en ImageJ a través de Python, se puede usar el comando “run” seguido de “Open”, y luego pasar la ruta de archivo de su imagen como argumento. A continuación se muestra un ejemplo de fragmento de código:

    # importar bibliotecas
import subprocess

# abrir ImageJ
subprocess.Popen(r"ruta\ij153-win-java8\ImageJ\ImageJ.exe")

# abrir archivo en ImageJ
subprocess.Popen(r'"ruta\ij153-win-java8\ImageJ\ImageJ.exe" --headless -macro "run(''Open...'', ''ruta\hacia\su\archivo\de\imagen.jpg'')"')

# abrir macro de ImageJ
subprocess.Popen(r"ruta\ij153-win-java8\ImageJ\macros\autocount.ijm")

    Tenga en cuenta que el segundo comando subprocess.Popen sigue una sintaxis ligeramente diferente. Esto se debe a que estamos llamando a la interfaz de línea de comandos de ImageJ para ejecutar la macro en modo “headless”, lo que simplemente significa que no se lanza una interfaz de usuario gráfica para ImageJ. La macro se ejecuta automáticamente en segundo plano.

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