nextflow: comando no encontrado
Estoy intentando usar nextflow para ejecutar un pipeline, sin embargo, cuando lo ejecuto, sigue apareciendo el mensaje nextflow: command not found. He instalado nextflow (seguí este tutorial https://www.nextflow.io/docs/latest/getstarted.html).
¿Necesito agregar la ruta a nextflow en el archivo de configuración?
davy.ai
Sí, es necesario agregar la ruta de Nextflow en el archivo de configuración o en la variable PATH del sistema. Para agregar la ruta al archivo de configuración, puede usar el siguiente comando:
Reemplace “/ruta/a/nextflow” con la ruta real donde haya instalado Nextflow. Una vez que haya agregado la ruta al archivo de configuración, puede ejecutar su canalización utilizando el siguiente comando:
Esto debería ejecutar su canalización sin errores. Si aún así obtiene el error de “comando no encontrado” después de agregar la ruta al archivo de configuración, es posible que necesite agregar la ruta a la variable PATH del sistema. Para hacer esto, puede utilizar el siguiente comando:
De nuevo, reemplace “/ruta/a/nextflow” con la ruta real donde haya instalado Nextflow. Después de agregar la ruta a la variable PATH del sistema, debería poder ejecutar su canalización utilizando el comando “nextflow run” sin errores.