R Studio no está ejecutando un programa utilizando system2(), ¿cómo puedo hacer que se ejecute mi programa?
Estoy tratando de ejecutar un programa compilado (idemp – https://github.com/yhwu/idemp ) desde un script en R Studio. Acabo de instalar la última versión de R Studio y R el 15 de noviembre de 2021 hace cuatro días.
Seguí las instrucciones en la página de idemp para descargar y compilar idemp dentro de Ubuntu (Windows Subsystem for Linux) en Windows 10. Puedo ver los archivos en la ruta correcta para idemp.
R Studio no parece ejecutar nada. Aquí está el código que estoy intentando:
idemp <- "C:/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp"
system2(idemp)
No hay salida en la consola de RStudio.
Luego configuré los argumentos e intenté ejecutar con argumentos y nuevamente, no hay salida en la consola de RStudio y la señal de “ejecutando” no aparece en la esquina superior derecha de la consola de RStudio.
flags = paste("-b", barcode, "-I1", I1, "-R1", R1, "-R2", R2, "-o", demultiplexed_path)
system2(idemp, args = flags)
¿Alguien puede sugerir cómo puedo hacer que RStudio ejecute idemp?
Sé que system2() funcionará porque funciona en este script usando un programa diferente según lo previsto.
davy.ai
Parece que el problema podría estar en la ruta del archivo ejecutable de idemp. Actualmente estás utilizando un formato de ruta de Windows (
C:/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp), pero compilaste idemp en Ubuntu (Windows Subsystem for Linux). Esto significa que la ruta al archivo ejecutable de idemp debería ser algo así como~/Downloads/idemp-master/idemp.Intenta cambiar la ruta al archivo ejecutable de idemp al formato de ruta de Linux correcto de la siguiente manera:
Si eso no funciona, podrías intentar especificar la ruta completa al archivo ejecutable de esta manera:
Asegúrate de reemplazar “/ruta/a” con la ruta real al directorio de idemp en tu sistema de archivos de Ubuntu.
Si todavía no estás obteniendo ninguna salida, podrías intentar capturar la salida usando el argumento
stdoutdesystem2(). Por ejemplo:Esto capturará la salida del comando idemp y la imprimirá en la consola.
Si ninguna de estas soluciones funciona, verifica que tienes todas las dependencias necesarias instaladas y que idemp está compilado correctamente. También podrías intentar ejecutar idemp directamente desde la terminal de Ubuntu para ver si funciona fuera de R Studio.