¿Cómo puedo eliminar las frecuencias negativas después de una transformada de Fourier?

Utilizo una biblioteca de Java para realizar una Transformada de Fourier Rápida en algunos datos meteorológicos bidimensionales (longitud y tiempo) de tamaño nx y nt. Después de la transformación, obtengo una matriz compleja de tamaño 2nx y nt, donde los índices 2nx y 2*nx+1 representan un número complejo con partes reales e imaginarias. Para cada frecuencia de tiempo, hay números complejos en la dimensión de frecuencia espacial que son conjugados complejos, por lo que los números de los índices 1 a nx/2 son conjugados complejos de los números de nx/2+1 a nx. Entiendo que los números complejos de nx/2 a nx representan números de onda negativos.

Mi pregunta es: ¿cómo puedo eliminar las ondas de número negativo antes de la transformación inversa? Solo quiero retener ondas con números de onda y frecuencia positivos, pero si establezco los números complejos de nx/2+1 a nx en cero y transformo de vuelta, obtengo una matriz compleja, y no estoy seguro de cómo interpretar esto o encontrar un equivalente de matriz real que represente solo las frecuencias y números de onda positivos. ¿Alguien puede guiarme sobre cómo filtrar las ondas con números negativos y obtener algo que tenga un significado físico, es decir, números reales?